Mũi có hai chức năng lớn: chức năng hô hấp và chức năng khứu giác: ngoài ra mũi còn tham gia chức năng phát âm.
1. Chức năng hô hấp
Bình thường không khí hít vào hoặc thở ra phải đi qua đường mũi. Luồng không khí hít vào, đi dọc theo cuốn dưới và ngách giữa đến vòm họng, hình thành một đường cong lõm về phía dưới.
Chỉ có một phần rất ít của không khí là vào khu khứu giác để tác động vào tế bào khứu giác.
Sự thông thường của không khí qua mũi là điều kiện cần thiết cho hoạt động bình thường của hô hấp. Không khí đi qua mũi được lọc sạch, sưởi ấm và tăng độ ẩm. Bụi vi trùng cũng như các di vật nhỏ bị chặn lại ở tiền đình mũi bởi lông mũi, lông mũi phát triển dày đặc ở nam giới. Độ hẹp và hướng cong ngoẹo của cuốn ngách mũi bắt buộc luồng không khí tiếp xúc với mặt ẩm của niêm mạc, nhờ vậy nó được tăng độ ẩm và sưởi ấm đồng thời các hạt bụi hoặc vi trùng còn sót lại cũng bị dính vào màng nhầy của niêm mạc. Lông chuyển của niêm mạc đẩy lớp nhầy cùng với các dị vật bám vào về phía cửa mũi sau. Những chất này rơi vào họng và được nuốt hoặc khạc ra ngoài.
Như vậy khi không khí vào đến phổi nó đã được thanh lọc ở mức độ đáng kể. Thí nghiệm là trên người và súc vật cho thấy rằng hơn phân nửa vi dị vật hít vào bị giữ lại ở mũi. Trái lại nếu thở đường miệng thì tất cả vi dị vật sẽ đi thẳng vào họng, thanh quản, khí quản và phế quản, nơi đây nó sẽ gây ra nhiều tình trạng bệnh lý.
Tắc mũi còn tác hại đến thông khí ở phổi do thở nông và thiếu oxy. Người ta thấy rằng thở đường mũi còn có tác dụng tạo ra một áp lực âm tính ở đường hô hấp dưới, hiện tượng này bảo đảm sự thông khí tốt ở phổi và đưa vào một khối lượng oxy lớn hơn là khi thở đường miệng.
Tổ chức cương của cuốn mũi có khả năng nở phình ra để giảm bớt luồng không khí vào phổi. Cơ quan chỉ huy tổ chức này chịu ảnh hưởng của thời tiết và sự xúc động tinh thần.
Thở đằng mũi có lợi hơn thở đằng miệng vì những vi trùng chưa được loại ra cùng với bụi khi đi qua mũi sẽ bị chất nhầy mũi làm mất động lực hoặc huỷ diệt. Chất nhầy của mũi còn có khả năng trung hoà tác hại của khối và chất hoá học. Sự tắc nghẽn hoàn toàn hoặc một phần của mũi có thể dẫn đến một số bệnh của đường hô hấp như viêm họng, viêm khí quản, phế quản v.v…
2. Chức năng khứu giác
Khu khứu giác chiếm phần trên của hố mũi tức là ở cuốn trên và vùng vách ngăn đối diện, nơi mà người ta gọi là khe khứu giác. Niêm mạc ở vùng này màu đỏ gạch, mỏng, ít tuyết, ít mạch máu, ít lông chuyển mang tênlà bớt khứu giác. ở đây các tế bào giác quan Sunzơ (Sehultze) của niêm mạc có nhiệm vụ tiếp thu những kích thích mùi vị và đưa những xung đó qua mảnh thủng của xương sàng về hành khứu. ở hành khứu có những tế bào trung gian, chuyển những xung đó qua củ khứu rồi về các trung tâm khứu giác ở vỏ não. Các trung tâm này có nhiệm vụ phân tích cảm giác.
Theo thuyết hoá học thì các mũi sẽ hợp với chất tiết nhầy để kích thích các tế bào khứu giác.
Theo thuyết lý học vi phân tử thì mùi vị có một rung động riêng biệt, và mỗi mùi vị kích thích một cách đặc hiệu các tế bào giác quan bằng tần số rung động của mình.
Tắc mũi ảnh hưởng đến khứu giác và là một trở ngại lớn đối với công nhân làm việc trong các ngành cần đến sự tính mũi như sản xuất nước hoa, chế biến thực phẩm.
Khứu giác chẳng những giúp chúng ta biết mùi của vật chất mà còn cùng với vị giác, giúp chúng ta đánh giá chất lượng của thức ăn, thức uống. Hơn nữa nhiều thí nghiệm của Paplôp đã chứng minh rằng khứu giác kích thích phản xạ tiết dịch vị ở dạ dày. Sự kích thích này thể hiện rõ nhất trong phản xạ tiết nước bọt.
3. Chức năng phát âm
Hố mũi có đóng một vai trò trong phát âm. Trước kia người ta tưởng rằng hố mũi là những hòm cộng hưởng làm cho tiếng nói vang to lên. Bây giờ người ta thấy không phải như vậy. Trong phát âm, hố mũi có những vai trò sau đây:
- Phát ra những giọng mũi.
- Tiếp thu những rung động của không khí mũi trong khi phát âm và biến nó thành phản xạ mũi âm thanh chủ trì sự phối hợp các cơ họng và thanh quản (réflexe nasophonatoire).
Mũi có tham gia vào việc tạo ra âm sắc và độ vang riêng biệt của từng người. Trong tắc mũi, tiếng nói bị nghẹt và có giọng mũi. Trong trường hợp liệt màn hầu không khí sẽ thoát ra đằng mũi khi phát ra âm nổ (K). Hiện tượng này được gọi là giọng mũi hở.